تضطلع الوكالة بعملها في مجالين أساسيين: البرنامج العادي وبرنامج التعاون التقني. ويُموَّل هذان البرنامجان من مصدَرين منفصلَين. ويتلقى البرنامجان دعماً إضافياً من مساهمات خارج الميزانية ترد من الدول الأعضاء وجهات مانحة من الدول غير الأعضاء. ويعتمد المؤتمر العام للوكالة سنوياً ميزانية الوكالة.
الميزانية
في عام ٢٠٠٠، اعتمدت الوكالة نهجاً قائماً على النتائج من أجل تطوير برنامجها. وتشمل الميزنة والبرمجة القائمتين على النتائج إعداد برنامج وميزانية بالاعتماد على عدد من النتائج المرجوة التي تُصاغ في بداية العملية ويتم قياس الأداء الفعلي على أساسها في نهاية دورة البرنامج والميزانية. وفي النهج القائم على النتائج، تتبع عملية إعداد البرنامج سلسلةً من الخطوات تهدف إلى ضمان تصميم البرنامج على نحو يتيح تلبية احتياجات الدول الأعضاء والاستفادة من إمكانات الوكالة على أكمل وجه. ومصادر الوكالة الأساسية للتمويل هي صندوق الميزانية العادية وصندوق التعاون التقني وصناديق البرامج المموَّلة من خارج الميزانية. وهي ترد أساساً من مساهمات الدول الأعضاء، وفي بعض الحالات، من جهات مانحة أخرى. والمساهمات في صناديق البرامج المموَّلة من خارج الميزانية وفي صندوق التعاون التقني هي مساهمات طوعية.
الميزانية العادية
تتألف الميزانية العادية من عنصر تشغيلي وآخر رأسمالي. وفي حين يُستخدم العنصر الأول لتمويل التكاليف التشغيلية القائمة، يُستخدم العنصر الرأسمالي لتمويل الاستثمار في البنى الأساسية الهامة، تماشياً مع خطة الوكالة للاستثمارات الرأسمالية الرئيسية. وتنقسم الميزانية العادية إلى ستة برامج رئيسية، وفقاً لهيكل برنامج عمل الوكالة.
تمويل التعاون التقني
تُموَّل أنشطة التعاون التقني التابعة للوكالة من صندوق التعاون التقني والمساهمات من خارج الميزانية. ويشمل الصندوق المساهمات الطوعية التي يخصِّص مجلس المحافظين لها رقماً مستهدفاً كل عام.
المساهمات الطوعية الأخرى
تعتمد الوكالة أيضاً على مساهمات طوعية من أجل الاضطلاع ببعض أنشطتها في جميع برامج عملها الستة. وتُخطَّط تقديرات الأموال الخارجة عن الميزانية على أساس قدرة الوكالة على تنفيذ الأنشطة المعنية وإمكانية الحصول على التمويل.
وتندرج بعض هذه الأنشطة في إطار مبادرة الاستخدامات السلمية التي أطلقتها الوكالة في عام ٢٠١٠. وقد أصبحت هذه المبادرة منذئذ وسيلة هامة لجمع مساهمات خارجة عن الميزانية بغية تمويل أنشطة الوكالة في مجال الاستخدامات السلمية للتكنولوجيا النووية. وتتيح مبادرة الاستخدامات السلمية للوكالة أن تنفِّذ لفائدة الدول الأعضاء مشاريع إضافية في مجال التطبيقات السلمية للتكنولوجيا النووية، وإلا فسيبقى الكثير من تلك المشاريع بدن تمويل.
البيانات المالية
تُعِد الوكالة بيانات مالية سنوية بما يمتثل للمعايير المحاسبية الدولية للقطاع العام. وتخضع هذه البيانات للمراجعة من طرف المراجع الخارجي للوكالة، وهو المؤسسة العليا لمراجعة الحسابات لإحدى الدول الأعضاء في الوكالة. وبعدئذ يعتمد المؤتمر العام البيانات المالية السنوية إلى جانب تقرير المراجع الخارجي.