تعمل الوكالة، طوال 50 عاماً من شراكتها مع منظمة الأغذية والزراعة للأمم المتحدة (الفاو)، من خلال الشعبة المشتركة بين الفاو والوكالة لاستخدام التقنيات النووية في الأغذية والزراعة على تحفيز الاستخدام الآمن والملائم للتكنولوجيات النووية في الأغذية والزراعة، بهدف المساهمة في الأمن الغذائي العالمي والتنمية الزراعية المستدامة. وبدعم من مختبرات الوكالة في زايبرسدورف بالنمسا، تعمل الشعبة المشتركة بين الفاو والوكالة في مجالات متنوعة مثل الإنتاج الحيواني والصحة الحيوانية، وإدارة التربة والمياه، والاستيلاد الطفري للنباتات، والسلامة الغذائية، ومكافحة الآفات الحشرية.