Реагируя на растущую важность ряда ключевых секторов в ядерной области, МАГАТЭ учредило несколько специализированных программ. Они, помимо прочего, сосредоточены на вопросах лечения рака, ядерной и физической безопасности, а также на вопросах инновационных ядерных реакторов и топливных циклов.