欧洲联盟

与欧洲各机构的合作始于2003年，当时欧洲共同体和联合国签署了“财政和管理框架协议”。2004年，原子能机构和欧洲共同体签署了一项支持原子能机构核安保计划活动的捐款协定；2005年，原子能机构和欧盟委员会就核安全领域的一个项目签署了第一份捐款协定。 自那以后，原子能机构和欧盟委员会一起致力于实施满足原子能机构成员国在核安全领域发展需要以及加强全世界核安保的项目。核安全项目涉及辐射防护、放射性废物的安全管理、环境治理、退役、核安全文化以及应急准备和响应等领域。核安保的项目包括普遍加入和实施 《核材料实物保护公约》 及其修订案、核设施的实物保护、与脱离监管控制的材料有关的活动、计算机安全、教育和培训以及制订新的原子能机构“核安保导则”。 原子能机构和欧盟委员会于2013年通过一份关于核安全领域合作的“谅解备忘录”确认了双方的合作，并于2017年延长了其期限，又于2021年将其展期了18个月。“谅解备忘录”概述了合作伙伴进一步加强合作的意向，特别是在教育和培训、研究和发展以及能力建设方面。根据“谅解备忘录”开展的合作使原子能机构和欧盟委员会能够更有效地开展工作，以加强全球核安全和辐射安全。

实际安排

2009年，与欧盟委员会和联合研究中心代表的欧洲原子能联营签署了“实际安排”，其中包括合作加强放射性粒子的环境行为和放射化学领域的分析技术相关研究方面的关系；另一项安排侧重于核安全、核技术和能源规划问题方面的科技合作。
2012年，原子能机构环境实验室和联合研究中心参考材料与测量研究所缔结了“实际安排”，旨在加强执行有关化学测量的ISO/IEC-17025号标准方面的合作，以支持环境质量标准并交流分析测量领域的经验和信息。
同样在2013年，原子能机构和欧盟委员会签署了关于核安保技术问题方面合作的“实际安排”。这些安排使信息共享成为可能，并提供了框架以在东南亚共同实施核材料和放射源的核安保行动。
此外，2017年，原子能机构和欧盟委员会签署了《关于核科学应用合作的实际安排》，并审查了两个机构之间特别是通过欧盟委员会联合研究中心开展联合活动与合作的可能性，以期最大程度地利用核科学应用对欧盟和原子能机构成员国的益处。