Руководящие органы МАГАТЭ принимают решения в отношении программ и бюджета Агентства. К ним относятся Генеральная конференция в составе всех государств-членов и Совет управляющих, состоящий из 35 членов. Генеральная конференция собирается ежегодно в Центральных учреждениях МАГАТЭ в Вене, как правило, в сентябре. Совет собирается пять раз в год, также в Вене.